Kök hücreler kişinin kendi dokusundan elde edildiği için herhangi bir yan etki ya da alerjik bir reaksiyon oluşturmaz. Sadece yapılan müdahaleye bağlı lokal yan etkiler, %5 oranında ise dizde geçici şişlik oluşturma riski vardır. Bu yan etkiler genelde 1-2 hafta içinde geçmektedir.